Identifier les variants les plus contagieux à l’aide de simulations

Une récente étude effectuée à l’Université de Montréal met de l’avant une technique de modélisation afin d’identifier les variants de la COVID-19 les plus contagieux.

Ouverts ou fermés ? On ne parle pas de restaurants en pleine quatrième vague, mais plutôt des spicules du SARS-CoV-2. Ces petits bras, qui parsèment la surface du virus responsable de COVID-19, permettent à celui-ci d’infecter des cellules hôtes. Or, pour qu’infection il y ait, le spicule doit être en position « ouverte », c’est-à-dire être prêt à s’attacher à son hôte. Généralement, les spicules oscillent entre états « ouvert » et « fermé », et plus le temps passé en position « ouverte » est long, plus le virus est contagieux.

Rafaël Najmanovich, professeur au Département de pharmacologie et physiologie de l’Université de Montréal, a décidé de modéliser ce mouvement des spicules, également appelés protéines S. En simulant des milliers de mutations, il est en mesure de déterminer lesquelles permettent à la protéine S de rester en position « ouverte » le plus longtemps.

Une liste de drapeaux rouges

La technique développée par M. Najmanovich est aujourd’hui au cœur d’un projet du COG-UK, un regroupement d’agences de santé britanniques ayant pour objectif, entre autres, de surveiller les variants les plus contagieux.

« Nous modélisons chaque variant qui se propage dans la population anglaise et qui est observé fréquemment, explique le chercheur. Nous sommes en contact quotidien avec nos collaborateurs anglais. » Cette façon de procéder lui permet de dresser une liste des variants potentiellement dangereux, une liste de « drapeaux rouges ».

Un modèle qui a ses limites

Les travaux de M. Najmanovich lui ont déjà permis de reconnaître que les variants Alpha, Bêta et Gamma sont plus contagieux que la souche initiale du virus. Toutefois, ses simulations ne concluent pas que le variant Delta est plus contagieux, ce qu’infirment de nombreuses études.

Le chercheur estime que son modèle est trop simplifié pour capturer toutes les subtilités du mouvement entre les états « ouvert » et « fermé ». De plus, d’autres mécanismes, sans lien avec l’ouverture ou la fermeture des spicules, peuvent influencer la contagiosité d’un variant, mais n’ont pas été pris en compte dans le modèle.

Cette simplification était nécessaire, selon le professeur, afin de simuler rapidement des milliers de mutations. On ne peut donc pas parler d’une technologie avec un fort potentiel prédictif, mais plutôt d’un outil pour accompagner la surveillance des variants